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MEGA进化树

大小:30.8M时间:2019-06-18 14:27:12 类别:其他行业系统:WinAll
简介|教程
软件介绍

MEGA 7是来自国外的一款操作便捷,功能强大的分子进化遗传分析软件,全称:Molecular Evolutionary Genetics Analysis。它是一款专业的进化树软件,用于分析来自物种和种群的DNA和蛋白质序列数据,可用于序列比对、进化树推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。

MEGA进化树

软件说明

MEGA 7是来自国外的一款操作便捷,功能强大的分子进化遗传分析软件。非常适合生物学家和科研人员轻松进行进化分析和分子鉴定。软件功能齐全,界面简单直观,新版本带来了更多的功能和改善,增加了了向导式系统,用于识别树中的基因复制事件。并且重新考虑树资源管理器,以便可以显示多达100k类群的树。Timetree系统用于估计系统发育中所有分支点的相对和绝对发散时间(Tamura等人,2012)等等。有需求的用户请下载这款MEGA 7进化树软件。

功能特点

1、【序列分析】

系统发育推论

型号选择

约会和时钟

祖传国家

选择和测试

序列比对

2、【统计方法】

最大似然

距离方法

普通最小二乘

最大的简约

复合似然

贝叶斯

3、【强大的视觉工具】

对齐/跟踪编辑器

树探索者

数据探索者

传奇发电机

基因复制向导

时间树向导

使用教程

1、首先根据提示安装好软件之后,准备需要建树的序列,并将序列保存为fasta格式。

2、打开MEGA7,点击Align--Edit/built Alignment,选择Create a new alignment,点击ok。

3、打开刚刚保存下来的fasta序列。

4、点击Alignment –Align by ClustalW ,选择所有序列,出现下图,参数根据需求修改,在这我们就直接选择默认,点击ok。

5、比对完成后,点击Data –Phylogenetic Analysis,出现下图坐标箭头指向的两个按钮。

6、点击Phylogeny,有5个构建进化树的方法,一般选择MaximumLikehood(最大似然法)、Neighbor-Joining(邻接法)和Minimum-Evolution(最小进化法)方法,在此选择选择Neighbor-Joining(邻接法)建树。

7、在Test of Phylogeny 选择Bootstrapmethod; No.ofBootstrap replications 输入2000; Mode/Method 核酸选择Maximum Composite Likehood, 氨基酸序列选择Poisson model; Rates among sites 选择Uniform rates; Gaps/Missing Data Treatment 选择Compeledeletion, 点击Compute得到下面结果,根据自己的需求对树进行修饰。

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